O programa de pós-graduação em Microbiologia aceita candidatos estrangeiros para o mestrado ou doutorado e o exame de conhecimento em Microbiologia pode ser realizado em português ou inglês. 

Além de São Paulo, o exame  também é aplicado em outras cidades da América do Sul, como Bogotá (Colômbia), Bucaramanga (Colômbia), Tumbes (Perú) e Lima (Perú), porém, no futuro, pretende-se realizar o exame de seleção em outras cidades do exterior, conforme a exigência de demanda.

De acordo com as normas vigentes na USP, tanto a dissertação de mestrado como a tese de doutorado podem ser redigidas em português ou inglês.
Muitos orientadores do programa mantém vínculos com universidades e instituições de pesquisa de outros países e vários alunos do programa participam de estágios no exterior (bolsa sanduíche), geralmente apoiados por agências de fomento à pesquisa.

O programa também apoia a participação de alunos de doutorado em congressos internacionais e ainda conta com a cooperação com programas de pós-graduação de outras instituições nacionais.

O programa também apoia a participação de alunos de doutorado em congressos internacionais conforme explicitado na seção de auxílios financeiros: